El museo de las Culturas Aborígenes funciona bajo la dirección del Centro Cultural Cordero, una institución privada sin fines de lucro que tiene como objetivo promocionar el desarrollo cultural de la región sur del país, propiciar investigaciones e incorporar personal jubilado con interés de apoyar al mantenimiento del Patrimonio Cultural de la ciudad. 

El museo es de propiedad de la familia Cordero López quienes por más de cuatro décadas han recolectado alrededor de 15.000 piezas arqueológicas, de las cuales 10.000 se encuentran en reserva y 5.000 se encuentran en exhibición al público. La muestra abarca cinco períodos de la historia aborigen del Ecuador: período paleoindio, formativo, desarrollo regional, integración y período incaico. El recorrido se lo realiza en orden cronológico y en el mismo se puede apreciar la increíble destreza con la que los pueblos aborígenes del territorio ecuatoriano, ejecutaban las piezas en diferentes materiales como la piedra, la cerámica, etc. Se observan objetos utilitarios como hachas, flechas, cinceles, jarros y también rituales y ornamentales como figurillas humanas, de animales y de divinidades varias. Cada vitrina y repisa del museo se encuentra identificada con el nombre de la cultura, un mapa con la ubicación y el año de aparición y desarrollo de la misma. La especialidad del museo son las piezas pequeñas y en miniatura, muchas de las cuales han sido encontradas en varias zonas del país como las Cuevas de Chobshi, en el Azuay; la cueva Las Vegas, en Guayas; y otras en la provincia de Esmeraldas.  

El museo de las Culturas Aborígenes  incluye además de la sala de exposición, una cafetería y una tienda de artesanías que ofrece réplicas en cerámica y plata, libros y tarjetas postales.  El museo se encuentra ubicado en la calle Larga 5-24 y permanece abierto de lunes a viernes de 08h30 a 18h30 y los sábados hasta las 15h00.