La historia de esta edificación se remonta a inicios del siglo XIX cuando en el año 1813, se funda en la ciudad de Cuenca el primer Seminario Conciliar en el lugar que la Orden de los Jesuitas ocupaba previo a su expulsión. Este plantel se convirtió así en el único establecimiento de educación superior del Austro de ese entonces, pues además de doctrina teológica, se impartía aquí clases de derecho y medicina. Los fondos para su funcionamiento venían de un impuesto que se cobraba sobre el cacao de importación.

En 1867, se eliminó la fachada colonial de este edificio para sustituirla por una más moderna diseñada por los arquitectos Mera, de Quito, y Grevilliers, de Francia. El primer nivel de este edificio presenta un portal de arquerías de medio punto, el cual se ubica frente al Parque Central. En el segundo nivel se pueden apreciar ventanas de arco rebajado y adinteladas, con antepechos de decoraciones geométricas. Sobre ellas se construyó un friso decorado con vides, las cuales representan la sangre de Cristo. La fachada remata con tres torres enlazadas entre si por dos balaustradas de piezas cerámicas. Las cupulillas de las torres se encuentran recubiertas de cerámica vidriada de color esmeralda.